Num dia desses eu precisei juntar vários arquivos PDF em um arquivo só, de modo a facilitar a impressão de duas páginas por folha, com frente e verso.

Depois de uma rápida pesquisa no Google, descobri o pdftk, onde a partir de um simples comando pelo terminal, você junta dois ou mais arquivos pdf.

1º passo: Instalação
No linux:
$ sudo aptitude install pdftk
No Windows:
Baixe o executável (Veja instruções em http://www.pdflabs.com/docs/install-pdftk/ )

2º passo: juntando arquivos pdf (no linux via terminal, ou no Windows, via prompt cmd)
$ pdftk arquivo_1.pdp arquivo_2.pdf … arquivo_n.pdf cat output arquivo_final.pdf

Você pode ainda girar pdfs em 90º e 180º, encriptar e colocar senha nos arquivos pdf. Veja mais exemplos em http://www.pdflabs.com/docs/pdftk-cli-examples/