Eu precisei instalar o MySQL Workbech no Debian, baixando diretamente do site do MySQL Gui Tools, porém estava danco um monte de erros de dependências.

Pesquisei por vários tutoriais na net para ver se encontrava uma solução, pois estava dando erro específico com dois pacotes que não consegui instalar: libatkmm-1.6-1 e libgdk-pixbuf2.0-0.

Desisti então de procurar como instalar os pacotes, pois estava tendo erros no ./configure e make install.

Encontrei este tutorial: http://www.robo47.net/blog/193-Installing-Mysql-Workbench-5.2.11-from-source-on-Debian-6.0-Squeeze, e o trasncrevo traduzido aqui.

Os passos são simples:

Faça o Download dos arquivos fontes ~ 14 MB
extraia
instale ~ 30mb dos pacotes via apt-get ou aptitude
rode autogen
make && make install
inicie o workbench

Talves demore um pouco, num notebook mais lento (p4 mobile 1,73 ghz) o comando autogen demorou 10 minutos, o comando make levou cerca de 60 minutes e o comando make install mais 4 minutos, mas se você mesmo já compilou o mysql-server, você sabe… a instalação do mysql leva um bom tempo

Segue em detalhes, bastando copiar e colar:

$ wget ftp://ftp.gwdg.de/pub/misc/mysql/Downloads/MySQLGUITools/mysql-workbench-oss-5.2.11.tar.gz
$ tar -xzf mysql-workbench-oss-5.2.11.tar.gz
$ cd mysql-workbench-oss-5.2.11
$ apt-get install libzip-dev libzip1 libxml2-dev libsigc++-2.0-dev libcairomm-1.0-dev libglibmm-2.4-dev libpangomm-1.4-dev libglade2-dev libaudiofile-dev libavahi-client-dev libavahi-common-dev libavahi-glib-dev libbonobo2-dev libdbus-1-dev libesd0-dev libgconf2-dev libgcrypt11-dev libgnomevfs2-dev libgnutls-dev libgpg-error-dev libpopt-dev libselinux1-dev libsepol1-dev libtasn1-3-dev libsqlite3-dev libboost1.40-dev  libmysqlclient-dev libmysqld-dev uuid-dev liblua5.1-0-dev libncurses5-dev libreadline-dev libreadline6-dev libfribidi-dev libgl1-mesa-dev libglc-dev libglc0 libglu1-mesa-dev mesa-common-dev libpcre3-dev libpcrecpp0 python-paramiko
$ ./autogen.sh --prefix=/usr/bin
$ make
$ make install
$ /usr/bin/mysql-workbench

Caso de erro na instalação, siga as dicas no blog http://www.robo47.net/blog/193-Installing-Mysql-Workbench-5.2.11-from-source-on-Debian-6.0-Squeeze